La historia se sitúa en un mundo distópico, en el que la humanidad se ha visto obligada a refugiarse alrededor de gigantescas estructuras conocidas como mausoleos, cuyo origen nadie sabe si es producto de la naturaleza o del hombre. Algunas personas sufren una mutación que les convierte en Gaunas, criaturas que transforman sus huesos en armas y armaduras, atacando a todo lo que ven. Sin embargo, existen Gaunas que pueden mantener su conciencia humana para combatir esta amenaza. Denji es uno de ellos, y se verá involucrado en una trama que desvelará los secretos del mundo en el que vive.
